מחלקת שכר אחראית על מכלול הפעילויות הקשורות בביצוע תשלומים לכ - 1300 מקבלי שכר במועצה וחברותיה:
  • המועצה האזורית עמק חפר
  • מרכז תרבות/מרכז קהילתי
  • החברה הכלכלית
  • מטעי עמק חפר
  • העמותה לקידום ספורט
מערכת השכר כוללת: 
ביצוע תשלומי שכר וגמלאות לפי החוק, הסכמים קיבוציים, הנחיות המדינה וחוזים אישיים.
הנחייה ותמיכה בנושאי תנאי שירות והעסקת כ"א בהוראה, מנהלניות בתי ספר, המרכז הקהילתי ועמותת הספורט.  
ביצוע תשלומים ודיווח למס הכנסה וביטוח לאומי.
קשר עם המבטחים הפנסיוניים, קופות גמל וקרנות השתלמות - דיווח ותשלומים.
אחריות על דיווח נתוני שכר שונים לגופי ביקורת: מס הכנסה, ביטוח לאומי, משרד האוצר, משרד הפנים, משרד החינוך ומשרד הרווחה.
טיפול בבקשות ותביעות שונות של עובדים בנושאי: שכר, מס הכנסה, ביטוח לאומי, קופות פנסיה וקופות גמל.
הפקת דוחות ביצוע שכר ליחידות השונות.
הפקת פקודת יומן משכורת הכוללת חיובי תקציב, ורישום ניכויים.