אגף החינוך מלווה את כל מערכות החינוך במועצה - החל מגני הילדים, בתי הספר היסודיים ובתי הספר העל יסודיים ועד למסגרות החינוך המיוחד ומסגרות החינוך המשולב.
באחריות האגף נמצאים מוסדות חינוך רבים, ובהם:
- 74 גני ילדים
- 11 בתי ספר יסודיים (10 ממלכתיים ואחד ממ"ד)
- 4 בתי ספר על יסודיים
- 3 בתי ספר על יסודיים בחינוך המיוחד
- 11 מסגרות חינוך וכפרי נוער שאינם בבעלות המועצה, אך פועלים בממשק ובשיתוף עם האגף.
סך הכל תלמידים לומדים במוסדות החינוך בעמק חפר 11,319 ילדים.
תחומי העיסוק הבולטים של האגף:
- שירות פסיכולוגי לכל הגילאים
- פיקוח סדיר במוסדות החינוך
- שילוב נוער במסגרות חינוך מתאימות
- קשר עם ועדי הורים
- מפגשים עם פורום מנהלי בתי ספר
- מפגשים עם גננות וסייעות
- חוגי העשרה לנוער שוחר מדע
- פעילות העשרה למחוננים
- קשר עם מוסדות חוץ
- פיתוח יוזמות חינוכיות
- טיפול בפניות פרטניות של הורים
- השמה לחינוך מיוחד
- ליווי ותמיכה במוסדות החינוך
- טיפוח מנהיגות החינוך (מנהלי/ת בתי הספר)